Как ни парадоксально, но лечат псевдомембранозный колит именно тем, что привело к его возникновению — антибиотиками. Только теперь эти антибиотики очень мощные, из групп препаратов резерва, «тяжелая артиллерия»: ванкомицин, кларитромицин, тейкоплакин и пр. в максимальных дозах. Назначают антибиотики продолжительностью от 10 дней до 4 недель.
Антибиотики должны уничтожить всю флору кишечника, в том числе и клостридию. После этого или даже в процессе лечения назначаются пробиотики, препараты содержащие «полезные» бактерии, которые должны заселить кишечник и не дать возможности размножаться патогенным микробам.
Много внимания уделяется диетическим рекомендациям, а именно сбалансированному питанию. В острую фазу болезни стараются ограничить прием пищи богатой клетчаткой и грубыми мясными волокнами, так как воспаленный кишеник не может переварить эти элементы, что ведет к усилению брожения, гниения, избыточному образованию газов, что еще больше усиливает симптомы болезни.
Также для устранения изнуряющей диареи, купирования боли в животе используют симптоматическое лечение.
В подавляющем большинстве случаев прогноз благоприятный, если не развиваются осложнения в виде прободения стенки кишки с развитием перитонита.